药物研发套件Schrodinger下载 药物研发套件Schrodingerv4.0.1全能版

Schrodinger Suite绿色版是一个使用配体和结构方法的药物设计软件。Schrdinger提供精确、可靠和高性能的计算技术来解决生命科学研究中的实际问题。

它为新候选药物的设计、选择和优化提供了优秀的解决方案和服务。Schrdinger's预测模型将使药物发现科学家能够在发现过程的早期评估化合物的性质，并选择具有最佳特征的候选药物。

Schrdinger软件的预测能力使科学家能够加快他们的研发活动，降低研究成本，并做出其他计算或实验方法可能无法实现的新发现。这一次，最新的薛定谔套件绿色版可供下载。

附件是一个有效的激活文件。欢迎需要这个工具的朋友下载使用。

功能概述

Schrdinger是计算化学领域的科学领导者，为生命科学和材料研究提供软件解决方案和服务。Schrdinger旨在提供真正满足客户需求的集成软件解决方案和服务。我们希望通过先进的计算技术，

改变化学家设计化合物和材料的方式，使全世界的研究人员能够实现改善人类健康和生活质量的目标。通过构建和部署突破性的科学软件解决方案并建立合作伙伴关系，我们帮助科学家加快研发活动并降低成本。

做出新的发现，否则是不可能的。

药物发现

加速销售线索发现和优化的全面解决方案。我们的合作伙伴在一系列目标上的成功证明了这一点。

材料科学

化学系统的分子模拟，以设计对现代生活至关重要的材料。

制造具有良好优化性能的可开发生物分子。

利用预测方法设计质量更好的生物分子，优化分子从序列到结构。

利用可操作的基于物理学的工作流程

在简化的门户中可视化结构，并访问尖端的预测计算建模工作流以发现生物制剂。

系统要求

Operating system: Windows 10, version, 20H2, 21H1, 21H2/Windows 11, version 21 hours.

CPU: x86 _ 64兼容处理器

内存：每核4 GB内存

空间：18 GB磁盘空间，用于软件安装；400-500 GB中频数据库(PDB、BLAST等。)也已安装。

配置了网络接口的网卡

16位颜色(适用于Maestro)

安装激活教程

1.在这个站点下载解压，如图。

2.安装软件，双击setup.exe运行安装程序，并选择软件安装位置。

3.选择要安装的产品，然后单击“开始”开始安装。完成后，将绿色文件夹复制到安装目录中，并单击替换目标中的文件。默认路径是C:\ program files \ Schrodinger 2023-1。

新功能介绍

一、Maestro图形界面

1、使用Ligand Designer [2020-3]快速轻松地执行手动或引导导线优化

通过自动预测蛋白质-配体的复杂几何形状来“设计方式”

二维白板式设计

没有蛋白质的3D设计配体

通过简单的蛋白质相互作用视图设计3D配体

蛋白质全3D设计

叠加信息对设计至关重要

查看可用于配体生长的结合袋区域

查看蛋白质配体相互作用，包括冲突

查看蛋白质和配体表面

查看由WaterMap确定的可替换和可置换水位

识别适合普通药物化学反应的配体键

引导式工作流程可加快设计速度

生物甾体替代

等排扫描

更换或置换水位

形成其他蛋白质-配体相互作用

环化配体

杂交配体（合并R-基团）

文件中的码头配体

使用自定义的R-group库和属性过滤器为您的项目量身定制化学

通过基于属性的雷达图（MW，logP，HBA，HBD，PSA）快速评估分子的适用性。从PT添加用户属性。

发送喜爱的设计，以便通过与FEP +的相似性进行等级排序，在LiveDesign中进行后处理和发布，或者发送到Excel

窥镜全息显示器的渲染性能更快[2020-3]

设定影片

调整2D叠加层的大小[2020-3]

允许在蛋白质膜界面选择残基[2020-3]

3D Builder：从序列中构建DNA和RNA链[2020-3]

二、多序列查看器

现代化设计，新代码，新功能

从Maestro的主“窗口”菜单或“任务”菜单中快速访问MSV。通过直观，易于导航的界面改善了用户体验，该界面的设计类似于Maestro 11 [2020-3]

支持序列比对和比较，以及用于设置比对方法和调整参数的选项[2020-3]

执行成对序列比对

执行多序列比对

生成成对比较矩阵：根据相似性，同一性或保守性比较整个序列或选定的列

分层显示各种来源的信息，以增强对序列之间差异或相似性的解释[2020-3]

引入全局注释

按属性应用着色

查看属性指标

快速准确地注释抗体CDR环

可以计算丰富的内置序列描述符，并将值显示在序列旁边的指标列中。

通过这些属性可以灵活地上传用户生成的描述符和颜色序列。

同源性建模：带有复选标记的指导性逐步结构预测工作流，指示已完成的步骤[2020-3]

查找同系物（BLAST）

支持多种类型的模型

简单模型：一个目标，一个模板

嵌合模型：一个目标，多个模板

批处理模型：多个目标，一个模板

多链模型：同聚和异聚

在工作区中与3D结构的平滑集成[2020-3]

轻松链接和取消链接序列到结构

根据整个序列比对或结合位点比对比对结构

一键式切换拆分和组合链表示形式

按结构性质的颜色顺序

将序列颜色应用于工作空间结构，反之亦然

三、OPLS3e力场

默认情况下使用的Schrodinger-ANI选项可加快拟合速度，可通过FFB GUI [2020-3]获得

四、FEP +

1、FEP +小组[2020-3]

集成ForceField Builder + FEP工作流程

使用QuickView循环浏览边的贴图/热点区域数据

能够清除所有/选定的实验数据

UX改进以显示Core SMARTS

消除冗余的SMARTS模式

突出显示与核心SMARTS匹配的节点

GUI支持更改Lambda窗口数

2、ABFEP小组[2020-3]

支持多配体输入

Web服务支持

五、分子动力学

卸下Desmond CPU [2020-3]

六、混合溶剂MD（MxMD）

包括与每个热点匹配的探针结构[2020-3]

七、共价配体对接

在优化步骤[2020-3]中应用用户定义的约束

支持原子名称中包含'的附着原子（即核酸）[2020-3]

八、配体对接

结合使用机器学习和Glide对接测试版，将Active Learning Glide应用于数十亿个化合物的超大型图书馆的对接[2020-3]

九、宏周期

（可选）通过输入文件为宏环化脚本提供输入[2020-3]

生成融合蛋白肽接头设计，ADC接头以及具有能力连接断开分子的融合二聚体配体（仅命令行）[2020-3]

十、诱导对接

IFD-MD速度提高了约5倍，而不会影响精度[2020-3]

十一、药理模型

简化create_hypoConsensus脚本的应用程序，该脚本现在可以读取* .phypo格式[2020-3]

十二、配体对准

通过允许参考配体进行搜索来改进参考配体的规格[2020-3]

修复了多个错误（例如，回溯，作业启动失败）[2020-3]

基于flex_align的作业生成的默认遵循者的默认数量较少，以加快计算速度[2020-3]

添加工具提示[2020-3]

澄清高级选项规范[2020-3]

十三、枚举

通过包含描述和名称来改进名称的反应搜索[2020-3]

十四、化学信息学

通过Canvas指纹或属性创建和应用Kohonen自组织地图-测试版[2020-3]

创建并应用单独的分类和连续QSAR模型，完全控制所应用的功能和机器学习-beta [2020-3]

使用kPLS，MLR，PCR，Bayes或递归分区机器学习技术创建并做出预测

使用各种Canvas指纹，原子和分子描述符或用户提供的描述符来创建机器学习模型

可视化来自kPLS模型预测的原子贡献

自动或手动创建测试/训练集拆分

十五、基于经验和基于质量管理的pKa预测

允许在Jaguar pKa中进行常规和自定义的OPLS3e力场进行构象搜索[2020-3]

十六、QM / MM（QSite）

QSite现在支持OPLS3e力场[2020-3]

十七、量子力学

莫斯鲍尔光谱[2020-3]

在将VCD光谱与Spectrum_align.py [2020-3]对准时，可以选择使用鲁棒峰

计算在一定压力范围内的热化学性质[2020-3]

环链互变异构体现在可以在AutoConf.py工作流程中生成并评分[2020-3]

.cosmo文件用于COSMO-RS计算[2020-3]

从命令行启动的批处理计算现在可以选择输出并分组失败的子作业，以简化其进一步处理[2020-3]

十八、结合位点表征

通过新的激酶_conservation_analysis.py脚本执行激酶结合位点残基保守性分析[2020-3]

返回独特的残基对，可优化小分子的选择性

原子水平特性标注了在整个基因家族中最独特的残基对

十九、蛋白质同源性建模

从命令行[2020-3]支持增强对所有Prime优化作业（循环预测，侧链预测，结合位点优化等）中的最小化参数的控制

二十、低温电磁

使用PHENIX/OPLS3e自动进行约束权重扫描，以确定理想权重[2020-3]

PHENIX/OPLS3e-改进稳定性，支持多coformer，支持编写PDB文件[2020-3]

二十一、工作流程和流水线

1、支持最新版本的KNIME（v4.2，但包括v4.1.3）[2020-3]

2、作为LiveDesign模型节点上传[2020-3]

将任何LiveReport列作为输入的通用协议

可以将药理学假说添加到LiveReport中

在计算模型下的指定文件夹中创建模型

协议和模型可以通过python脚本上传

避免KNIME版本不兼容的选项

3、滑行配体对接节点中可以使用任何命令行选项[2020-3]